Le système de jeu est identique à celui du jeu A Link to the Past, à quelques différences près. Le joueur ne doit plus chercher les trois éléments et les sept cristaux à travers Hyrule, mais les huit tablettes de pierre. De même, les trésors des donjons ont été changés. Un changement a été apporté au niveau des Bottes de Pégase : on peut changer de direction et d'écran tout en continuant à courir. Les murs destructibles ont également été modifié, ceux-ci n'étant plus fissurés, ils sont impossibles à différencier d'un mur normal, il faut maintenant frapper dessus avec l'épée pour entendre un son de creux. Dans A Link to the Past, les murs renfermaient généralement des rubis ou des vases contenant flèches et bombes. Ils cachent à présent des voleurs (qui toujours dans A Link to the Past, frappait le joueur pour récupérer ses objets) qui permettent d'augmenter le nombre de flèches ou de bombes, moyennant payement.
À l'instar du premier épisode, une partie du jeu était à télécharger chaque semaine, donnant accès à de nouvelles zones (les zones non-accessibles étaient entourées de nuages). Le temps de jeu était toujours limité, obligeant le joueur à se dépêcher. Une fois les deux donjons hebdomadaires finis, le joueur pouvait continuer à chercher des rubis, des bouteilles, etc.
L'horloge interne est aussi toujours présente, déclenchant des évènements comme l'apparition de fées sur la carte. L'horloge permit aussi la mise en place de la météo. De temps à autre, du brouillard apparait sur la carte, précédant un orage. Celui-ci rend la progression plus dure en désamorçant les bombes et en faisant apparaitre des monstres plus puissants sur la carte, que même le boomerang ne peut assommer. L'orage disparait cependant après quelques minutes.
Des magasins de location apparaissent aussi à travers le monde. On peut y louer pour 100 rubis une amélioration de l'épée (sauf si celle-ci est déjà totalement améliorée) ou une pelle (sauf si le joueur en possède déjà une). En louant la pelle, le vendeur donne l'emplacement d'un cœur sur la carte, que le joueur peut déterrer.
Parmi les innovations propres à ce jeu se trouve la taupe : elle apparait à un endroit aléatoire chaque semaine. En lui parlant, le joueur ajoutera 10 000 points à son score.
source:wikipedia