Oula... il y en aurait des choses à dire !
Déjà, pour la période, évite absolument la Golden Week (entre fin avril et début mai), c'est une semaine de jours fériés où tout est plus cher, pris d'assaut, et les transports sont bondés. En plus, les magasins sont fermés ! Le 15 aout, férié aussi, est à éviter également (ou alors il faut rester au même endroit et ne pas se déplacer).
Juin et Juillet sont moyens pour la météo, beaucoup de pluie (sauf à Hokkaido). J'ai connu des journées à 36°C le jour, et 35 la nuit avec 100% d'humidité dans l'air. Pas top pour se déplacer avec des bagages. Et il y a beaucoup de moustiques
, des scarabées géants et des grenouilles de partout sur les murs à la campagne
L'hiver ça doit être sympa, mais il y a beaucoup de neige du nord jusqu'à Osaka. Hokkaido a un climat de type sibérien.
L'automne il paraît que c'est magnifique, et il fait encore très beau dans la majeure partie du pays.
Pour les lieux à visiter... c'est l'embarras du choix ! Tout dépend du thème de ton voyage, plutôt découvertes, visites de monuments, anime et produits dérivés, shopping,...