Salut Baka Sable ^^
Tout dépend de ce que tu veux voir
c'est difficile de te dire "tu dois absolument faire ce truc là"...
Il y a des lieux ultra touristiques, recommandés par tous les guides, où tu peux passer un moment épouvantable à cause des touristes ou tout simplement de la foule. Et il y a des endroits dont personne ne parle, et où tu vas faire une rencontre ou vivre un moment qui te marquera à vie.
Si tu peux, évite d'aller le week end dans les lieux hyper touristiques comme Nara, Nikko ou Asakusa (à Tokyo). Dans les transports en commun, arrange toi pour éviter les heures de pointe (surtout 17h30 - 19h dans les métros de Tokyo et Osaka).
Après, le reste, c'est que du bonheur... tout le monde t'aidera, les restos et magasins sont toujours ouverts... Tu as loupé ton train ? pas de panique ^^ y en a un autre dans 10 minutes !!
A Tokyo, si tu sors le soir, pas d'hésitation, c'est à Shinjuku : quartier vivant, sympathique et naturel. Va voir aussi le grand carrefour de Shibuya vers 18h, impressionnant. Mange et bois un coup sur place pour éviter de rentrer en métro à l'heure de pointe ^^
A Osaka, le quartier de Dôtonbori et ses néons qui s'allument à la tombée du jour, c'est sympa aussi.
Pour les produits dérivés d'anime, laisse tomber Akihabara, c'est trop connu, ya trop d'étrangers, et en plus tu ne trouveras que des trucs récents. Le dernier endroit à Tokyo où tu peux trouver des produits intéressants, c'est le Mandarake de Nakano.
A Tokyo, choisis un hébergement pas trop loin de ce que tu veux voir, sinon tu passeras facilement 4-5h par jour dans le métro et c'est dommage. L'idéal est de loger près d'une station de la ligne JR Yamanote.
Si tu aimes l'aventure avec ses joies et ses imprévus, et si tu as du temps pendant ton voyage, essaie de sortir des grandes agglomérations, tu ne le regretteras pas.(quelques notions de japonais sont indispensables par contre)
T'as trop de la chance en tout cas !!!